Het team op het Waddenkantoor bestaat uit de secretaris-directeur, een adviseur bedrijfsvoering, een officemanager en 2,5 fte beleidscoördinatie. Zij ondersteunen de bestuurlijke en ambtelijke samenwerking op het gebied van beleid en bedrijfsvoering. Ten behoeve van Programma Waddeneilanden bestaat het team uit een programmamanager en 2,5 fte procesleiders.