Het team op het Waddenkantoor bestaat uit de secretaris-directeur, een adviseur bedrijfsvoering, een officemanager en drie beleidscoördinatoren . Zij ondersteunen de bestuurlijke en ambtelijke samenwerking op het gebied van beleid en bedrijfsvoering. Ten behoeve van Programma Waddeneilanden de Regio Deal bestaat het team uit een programmamanager, programmaondersteuner, en drie procesleiders, een communicatieadviseur en programmacontroller.