Het Dagelijks Bestuur bestaat uit de 5 burgemeesters van de deelnemende gemeenten. Het Dagelijks Bestuur bereidt alles voor dat aan het Algemeen Bestuur ter overweging en beslissing wordt voorgelegd, voert de besluiten van het Algemeen Bestuur uit, beheert de inkomsten en uitgaven, zorgt voor de controle op het financieel beheer en de boekhouding en behartigt de belangen van het Samenwerkingsverband De Waddeneilanden bij (vertegenwoordigers van) andere overheden, instellingen, diensten en organisaties.